Alex, az oroszlán a nagyvárosi dzsungel királya, mivel ő a New York-i Central Park állatkertjének fő attrakciója. Ő és legjobb barátai, Marty, a zebra, Melman, a zsiráf és Gloria, a víziló egész eddigi életüket kellemes fogságban töltötték, pazar étkek közt, zöldövezeti környezetben. Ám Martynak az elég jó sem elég jó, hagyja, hogy úrrá legyen rajta a kíváncsiság és néhány rendkívüli pingvin segítségével megszökik, hogy felfedezze a külvilágot, ami annyira hiányzik neki. Barátai döbbenten állnak másnap reggel Marty hűlt helyénél és kitörnek az állatkertből, hogy visszahozzák a zebrát, mielőtt még bárki rájönne, hogy eltűnt. Ám egy metróban bóklászó oroszlán, zsiráf és víziló még New Yorkban is kelt némi feltűnést. Alex, Melman és Gloria a Központi Pályaudvaron akadnak rá Martyra, de mielőtt felszállhatnának a hazafelé tartó metróra, elkábítják, elfogják, bedobozolják és egy Afrika felé tartó hajóra pakolják őket a jó szándékú emberek, akik úgy gondolják, hogy megmentik az állatokat a nagyvárosi élet stresszétől. Amikor a cselszövő pingvinek megrongálják a hajót, hőseink Madagaszkár egzotikus szigetének partján találják magukat. A New York-i aszfaltbetyároknak most rá kell jönniük, miképpen maradhatnak életben a vadonban és fel kell fogniuk, mit is jelent valójában az a mondás, hogy "nagy az Isten állatkertje."